กองบังคับการอำนวยการ มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานธุรการ งานสารบรรณ งานประชาสัมพันธ์ งานช่วยอำนวยการ และงานเลขานุการ ดำเนินการเกี่ยวกับ การจัดระบบงานและบริหารงานบุคคล ดำเนินการเกี่ยวกับการเงิน การบัญชี การงบประมาณ งานพัสดุ อาคารสถานที่ งานพลาธิการงานส่งกำลังบำรุง งานยานพาหนะ และงานสื่อสาร ดำเนินการเกี่ยวกับการประสานงานและจัดทำยุทธศาสตร์ แผนงาน โครงการ งานวิจัย และงานประเมินผลดำเนินการเกี่ยวกับงานกฎหมายและวินัย งานฝึกอบรมเพื่อพัฒนาบุคลากร ด้านการป้องกันปราบปรามยาเสพติด ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย และบริหารงานทั่วไปของกองบัญชาการตำรวจปราบปรามยาเสพติด แบ่งออกเป็น 8 ฝ่าย ดังนี้

1. ฝ่ายธุรการและกำลังพล
2. ฝ่ายยุทธศาสตร์
3. ฝ่ายส่งกำลังบำรุง
4. ฝ่ายป้องกันอาชญากรรม
5. ฝ่ายงบประมาณและการเงิน
6. ฝ่ายกฎหมายและวินัย
7. ฝ่ายกิจการต่างประเทศ
8. ฝ่ายกฎหมายและวินัย