กองกำกับการปฏิบัติการพิเศษ มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับการสนับสนุนการปฏิบัติงานของกองบัญชา การตำรวจปราบปรามยา เสพติด และสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ในการดำเนินการปราบปรามจับกุมผู้ผลิต ผู้นำเข้า ผู้ส่งออก ผู้จำหน่าย ผู้ครองครองหรือขนย้ายสารตั้งต้นและเคมีภัณฑ์ และวัตถุดิบที่ใช้ในการผลิตยาเสพติด ตลอดจนปราบปรามเครือข่ายยาเสพติดระหว่างประเทศทั่วราชอาณาจักร